1) Переведите сайт в оффлайн.
2) Сделайте бэкап (также бэкап папки files и папки дополнительных модулей).
3) Отключите все дополнительные модули.
4) Сохраните файл sites/default/settings.php
5) Удалите все файлы от предыдущей версии и замените их файлами новой.
6) Вставьте старый файл sites/default/settings.php вместо нового...
7) Верните папку files на место и папки дополнительных модулей тоже...
8) Запустите скрипт ваш_сайт/update.php
9) Подключайте дополнительные модули и запускайте опять скрипт ваш_сайт/update.php

Всё это для темы Garland. Если у вас другая, то дополнительно, надо переключить сайт на тему Garland и после этого производить все вышеуказанные манипуляции.